Données des laboratoires pour le dépistage (A COMPTER DU 23/08/2023) - SI-DEP

⚠️ La loi n°2022-1089 du 30 Juillet 2022 mettant fin aux régimes d’exception pour lutter contre l’épidémie de COVID-19 prévoit l’arrêt du traitement des données personnelles issues du système d’information du dépistage (SI-DEP) basé sur les résultats de tests RT-PCR et tests antigéniques. Les indicateurs issus de cette source (nombres de cas quotidiens, taux de dépistage, taux de positivité, R effectif) ne pourront plus être produits. Ces évolutions s’inscrivent in fine dans une démarche de normalisation de la surveillance de la COVID-19 et de son intégration progressive parmi les épidémies respiratoires suivies en routine.

Suite à la publication du décret n°2023-700 31 juillet 2023 et de l'Arrêté du 7 août 2023 relatif au système d’information « LABO-SI », un dispositif transitoire appelé « Néo-SIDEP » assure la continuité du suivi épidémiologique de SARS-COV-2 et permet d’avoir une remontée des résultats de tests RT-PCR positifs et négatifs effectués en laboratoires uniquement.

Les taux d'incidence doivent être interprétés avec prudence, car cet indicateur ne reflète que les cas confirmés biologiquement en laboratoire et non la situation réelle (moins de tests dans l'ensemble et un recours aux tests pouvant varier dans le temps et selon les territoires ; non prise en compte des autotests et tests réalisés hors laboratoires de biologie médicale). De même, les données sur les tests positifs et négatifs étant disponibles à partir de la S35, le taux de positivité et le taux de dépistage doivent être interprétés avec beaucoup de prudence. Ces données permettent toutefois d’apprécier les tendances d’évolution du taux d’incidence.

L’historique des indicateurs issus de SI-DEP resteront accessibles sur notre plateforme Géodes et sur data.gouv.fr, de même que les nouveaux indicateurs à une fréquence hebdomadaire.

Les fichiers contiennent dans l’ordre suivant :

• Une colonne pour l’échelon géographique :

Fra = France
Reg = code de la région
Dep = code du département

• Une colonne pour le pas de temps :

Sg = semaine glissante ou
Semaine = semaine calendaire

• Une colonne pour les variables d’agrégations :

Cage10= [00-10), [10-20), [20-30), [30-40), [40-50), [50-60), [60-70), [70-80), [80-90), [90-Inf)

• Une colonne pour chaque effectif :

Pop = population
P = patients testés positifs
T = nombre de patients testés

• Une colonne pour chaque indicateur :

Ti = taux d’incidence
Tp = taux de positivité
Td = taux de dépistage