Covid-19 : résultats régionaux issus des appariements entre SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI

Attention : ces données ne seront plus mises à jour après le 23 juin 2023

Dans le cadre de sa mission d’appui à la gestion de la crise sanitaire, la Direction de la Recherche, des Études, de l’Évaluation et des Statistiques (DREES) exploite les données pseudonymisées issues des 3 principales bases de données sur la crise Covid-19 : SI-VIC (hospitalisation), SI-DEP (dépistage) et VAC-SI (vaccination).

Ces exploitations conduisent à de nombreuses analyses, publiées ou à usage des acteurs de la gestion de crise, à propos des trois thématiques: dépistage, hospitalisation et vaccination. La DREES réalise également des croisements entre ces bases, dans le but d’éclairer des problématiques qui relèvent de plusieurs de ces thématiques de façon conjointe. Ainsi, un suivi régulier selon le statut vaccinal des nombres de cas positifs aux tests Covid-19 et des entrées hospitalières est réalisé.

De même, des analyses comparatives des fréquences de cas graves de Covid-19 selon le variant ou les mutations identifiées du virus affectant les patients peuvent être menées. Ces données concernent tous les âges et la France entière. Les pourcentages du variant Omicron parmi les tests positifs sont estimés via un proxy sur les tests criblés. Ces pourcentages ne sont pas significatifs avant l’apparition du variant Omicron.

NB : des changements intervenus dans la gestion de l’épidémie de Covid en début d’année ont eu un impact sur la qualité des données. Depuis le 1er février 2023, pour recevoir un certificat de résultat de test de dépistage, le patient doit avoir préalablement consenti au partage de ses données personnelles à cette fin. La constitution du pseudonyme (chaîne de caractères non signifiante identifiant de façon unique chaque personne) s’est effectuée à partir du 1er février en amont de SI-DEP pour les personnes ne donnant pas leur consentement pour le partage de leurs données personnelles, afin que celles-ci ne soient pas intégrées dans le système d’information, tout en assurant la surveillance épidémiologique. La DREES a constaté des anomalies sur les pseudonymes reçus pour les tests validés depuis le 1er février. Ces anomalies ont dégradé la qualité de l'appariement de SI-DEP avec les autres sources de données SI-VIC et VAC-SI. Des investigations ont permis d’identifier plusieurs causes aux anomalies concernant le pseudonyme dans ce flux et des actions correctrices ont été mises en œuvre en amont de l’envoi des données pseudonymisées à la DREES.

Ces corrections ont été pleinement opérationnelles à partir des données collectées le 17 février, sans possibilité de corriger les jours précédents. Pour cette raison, les données concernant les tests sur la période du 1er au 16 février ne sont pas diffusées dans les jeux de données publiés par la DREES (les colonnes liées à SI-DEP, sur la période du 1er au 16 février sont donc non renseignées).