Surveillance du Sars-Cov-2 dans les eaux usées (SUM'Eau) SUM'eau

🔨 23/10/2024 : Incident technique
Suite à un incident technique, les données de surveillance du Sars-Cov-2 dans les eaux usées n'ont pu être poussées sur data.gouv ces deux dernières semaines. La publication reprend ce jour et à la fréquence habituelle. Veuillez nous excuser pour la gêne occasionnée.

Un dispositif national de surveillance des eaux usées (SUM’Eau) a été initié sous l’impulsion de la direction générale de la santé (Ministère chargé de la Santé) et de la direction de l’eau et de la biodiversité (Ministère chargé de l’écologie) avec l’appui technique et scientifique des agences sanitaires (Santé publique France, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail). La surveillance des eaux usées poursuit deux objectifs, qui sont (1) détecter précocement la présence du génome du SARS-CoV-2 en population générale et (2) suivre les tendances de la circulation virale au sein de la population.

Les données proposées permettent d’estimer la tendance de circulation du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées au sein de 54 collectivités. Les indicateurs de suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux usées sont calculés à partir du ratio entre la concentration virale de SARS-CoV-2 (exprimée en cg/L et quantification réalisée à partir du gène E) et la concentration en azote ammoniacal (exprimée en mg de N/L). Les données obtenues sont ensuite lissées selon la méthode de régression LOESS. Ce lissage peut expliquer une variation des précédentes mesures lors d’une nouvelle livraison.

Ces données sont actualisées à fréquence hebdomadaire.

[23/09/2024]. Le réseau de surveillance a évolué et ce sont désormais 54 stations de traitement des eaux usées qui sont suivies à fréquence hebdomadaire depuis la semaine 17 de l’année 2024. Des colonnes ont ainsi été ajoutées pour intégrer ces nouveaux points de collecte. Le fichier relatif aux stations a également été actualisé en conséquence.

[06/03/2024]. Le réseau de surveillance a évolué à partir de la semaine 08 de l’année 2024. Ainsi, c’est désormais la station de Lille-Marquette-Lez-Lille - et non plus la station de Roubaix-Wattrelos – qui est désormais suivie au niveau de l’agglomération lilloise. Une colonne a ainsi été ajoutée au fichier relatif aux indicateurs. Le fichier relatif aux stations a également été actualisé en conséquence.

[17/01/2024]. Un correctif a été apporté au script de traitement des données de SUM’EAU.
Ce correctif permet de corriger une erreur survenue dans le calcul du lissage lors du changement d’année.

[20/12/2023]. Un correctif a été apporté aux valeurs de l’indicateur national à la suite d’une confusion sur l’identification de la station suivie au sein de la métropole de Lille. C’est en effet la station de Roubaix-Wattrelos qui est suivie depuis la semaine 30 de l’année 2022 et non la station de Lille-Marquette-Lez-Lille. Cette confusion ne modifie pas les valeurs de l’indicateur de la station elle-même (la taille de population n’est pas utilisée dans ce cadre) mais a un impact sur les valeurs de l’indicateur national qui utilise une moyenne pondérée par la taille de population de chaque station. L’impact sur le suivi des tendances est cependant négligeable étant donné que les tailles de population sont du même ordre de grandeur. L’ensemble des valeurs de l’indicateur national ont ainsi été recalculées.

Deux fichiers sont disponibles et la correspondance entre ces deux fichiers est assurée par le nom de la STEU.

• sumeau_stations.csv : Ce fichier est un référentiel d’informations sur les stations de traitement des eaux usées (STEU) suivies dans le cadre de SUM’Eau. Les données proposées (nom de la STEU, nom de la commune principale, géolocalisation de la STEU selon Système géodésique mondial de 1984) sont principalement issues de la base de Données sur les Eaux Résiduaires Urbaines (BDD ERU), millésime 2021, gérée par le ministère en charge de l’écologie. Le code unique attribué à chacune des STEU fait en particulier référence au référentiel élaboré par le Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau (Sandre). La taille de population, utilisée pour la construction de l’indicateur global (cf. infra), est une estimation réalisée en lien avec les exploitants de STEU.

nom = nom de la STEU ;
commune = commune principale couverte par la STEU ;
sandre = code de la STEU selon le référentiel Sandre ;
population = estimation de la taille de population du bassin raccordé à la station de traitement des eaux usées où le prélèvement a été réalisé ;
longitude = longitude de la STEU.
latitude = latitude de la STEU ;

• sumeau_indicateurs.csv : Ce second fichier est le fichier de restitution des indicateurs de suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. La première colonne correspond à la semaine de prélèvement. Les colonnes suivantes correspondent aux différentes STEU suivies. Ainsi, chaque ligne correspond aux valeurs de l’indicateur de suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux usées obtenue pour chacune des stations suivies pour la semaine considérée. Une valeur manquante (NA) traduit l’absence de données pour une station et une semaine données. La dernière colonne (National) correspond à l’indicateur global national ; celui-ci est calculé comme la moyenne des indicateurs des différentes STEU suivies, pondérée par la taille de population raccordée aux différents sites surveillés.