Variants circulants - indicateurs issus du séquençage (EMERGEN)

Les enquêtes Flash consistent à sélectionner aléatoirement des prélèvements positifs pour le SARS-CoV-2 pour lesquels le génome viral est séquencé. Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif de dresser une cartographie des souches de SARS-CoV-2 circulant en France. Elles permettent aussi de détecter l’émergence de nouveaux variants.

La fraction d’échantillonnage prescrite par Santé publique France pour chaque enquête Flash est déterminée chaque semaine en fonction de l’incidence de l’épidémie, afin d’une part de garantir une capacité de détection optimale des variants émergents (suivant en cela les recommandations de l’ECDC), et d’autre part de rester compatible avec les capacités de séquençage du consortium.
Le nombre de séquences obtenues au final dépend de plusieurs facteurs : la proportion des RT-PCR dans les diagnostics d’une infection à SARS-CoV-2, l’adhésion des laboratoires préleveurs au protocole, la proportion des prélèvements avec une charge virale (Ct) suffisante pour autoriser un séquençage, la qualité du séquençage en lui-même (parfois soumis à des aleas techniques).
Les indicateurs sont mis à jour chaque semaine selon les remontées des laboratoires séquenceurs. Elles sont consolidées progressivement compte tenu des délais de séquençage qui peuvent varier dans le temps ou selon les laboratoires.
Pour des raisons de représentativité, les données présentées ici incluent uniquement les enquêtes Flash pour lesquelles les résultats d’au moins 500 séquences sont présents dans la base

Les variables présentes dans ces jeux de données sont les suivantes :

reg = Région de résidence du patient prélevé ou, si manquante, du laboratoire préleveur
deb_periode = Date du début de la semaine de l’enquête Flash considérée
flash_variants = Variant obtenu comme résultat de séquençage
cage10 = Classe d’âge (tranches de 10)
n = Nombre de prélèvements ayant pour résultat le variant considéré
n_tot = Nombre de prélèvements pour la date et la région ou la classe d’âge considérés

Les classes d'âge utilisées sont les suivantes :
• 0 = tous âges
• 09 = 0-9 ans
• 19 = 10-19 ans
• 29 = 20-29 ans
• 39 = 30-39 ans
• 49 = 40-49 ans
• 59 = 50-59 ans
• 69 = 60-69 ans
• 79 = 70- 79 ans
• 89 = 80-89 ans
• 90 = 90 ans et plus

La région (colonne « reg ») suit la codification du Code Officiel Géographique de l’INSEE, elle est codifiée de la manière suivante :
• 01 : Guadeloupe
• 02 : Martinique
• 03 : Guyane
• 04 : La Réunion
• 05 : Saint-Pierre-et-Miquelon
• 06 : Mayotte
• 07 : Saint-Barthélemy
• 08 : Saint-Martin
• 11 : Ile-de-France
• 24 : Centre-Val de Loire
• 27 : Bourgogne-Franche-Comté
• 28 : Normandie
• 32 : Hauts-de-France
• 44 : Grand Est
• 52 : Pays de la Loire
• 53 : Bretagne
• 75 : Nouvelle-Aquitaine
• 76 : Occitanie
• 84 : Auvergne-Rhône-Alpes
• 93 : Provence-Alpes-Côte d’Azur
• 94 : Corse

Les variants représentés dans ces données sont les variants classifiés comme préoccupants (VOC) par l’OMS et les variants à suivre (VOI) circulant en France.
Les variants préoccupants (ou Variant Of Concern, VOC, en anglais) selon la classification OMS sont ceux ayant un impact sur la santé publique (que ce soit en termes de transmissibilité, de sévérité, ou encore de risque d'échappement à la réponse immunitaire) plus important que les variants circulant précédemment. Les variants à suivre (ou Variant Of Interest, VOI, en anglais) sont ceux dont l’impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais ayant des caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques qui justifient leur classement en « variants à suivre ».
Des information additionnelles à propos du classement des variants sont disponibles sur le site de Santé publique France : Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2 (https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/coronavirus-circulation-des-variants-du-sars-cov-2).

Les variants sont codifiés de la façon suivante dans les fichiers :
• 1 = Alpha
• 2 = B.1.640
• 3 = Beta
• 4 = Delta
• 5 = Gamma
• 6 = Omicron
• 7 = Autres variants

Le contenu de chacun des fichiers disponibles est listé ci-dessous :
Données globales
Fichiers avec le nombre de prélèvements séquencés pour chaque variant, par enquête Flash :
• flash-fra-YYYY-MM-DD-HHhmm.csv (échelle nationale)
• flash-reg-YYYY-MM-DD-HHhmm.csv (échelle régionale)

Données par classes d'âge
Fichiers avec le nombre de prélèvements séquencés pour chaque variant, par classes d’âge et par enquête Flash :
• flash-cage10-fra-YYYY-MM-DD-HHhmm.csv (échelle nationale)

Pour en savoir + : https://www.santepubliquefrance.fr/etudes-et-enquetes/enquetes-flash-evaluation-de-la-circulation-des-variants-du-sars-cov-2-en-france